Jusqu'en 1974, la Coopération Suisse avait  contribué sporadiquement au développement du Mali. Ces quelques projets étaient principalement des appuis à des réalisations de congrégations religieuses. En 1976, la Suisse s'est manifestée auprès des autorités maliennes, leur exprimant son souhait de "soutenir financièrement des actions issues de l'initiative des nationaux et mises en œuvre par eux-mêmes". Un accord-cadre de coopération fut signé entre les deux pays en 1977 qui portait sur un travail autour de quatre axes principaux: 

• La gestion de l'environnement en vue de la conservation et de la réhabilitation du patrimoine productif
• La promotion technologique et artisanale
• L'hydraulique villageoise
• Le développement de services de santé de proximité

L'assassinat du Directeur-résident de la Coopération Suisse en 1994 dans le cadre du conflit qu'a connu le nord du pays, a eu pour conséquence une rupture de l'engagement bilatéral de la Suisse et une réallocation de ses contributions vers la société civile.

Compte tenu des progrès dans la résolution du contentieux, une réflexion engagée avec les partenaires de la Coopération Suisse en 2000 a abouti à la définition d'une stratégie qui intégrait les nouveaux instruments tels que le Cadre Stratégique de Lutte contre la Pauvreté, la Stratégie 2010 de la DDC, le processus de décentralisation engagé par le Mali et le capital d'expérience du Bureau de la Coopération Suisse à Bamako.

Cette stratégie s'articulait autour de la gouvernance locale, de la dynamisation des économies locales et du développement social (santé et éducation). Elle mettait l'accent sur l'appui/accompagnement et le renforcement des acteurs de base, des collectivités territoriales, des services publics et des organisations socio-professionnelles.

Fin 2005, le Bureau de la Coopération Suisse a finalisé sa Stratégie de Coopération 2006-2011. Elle confirme les précédentes options en mettant un accent particulier sur:

• La consolidation des économies locales
• L'amélioration des conditions socio-sanitaires et
• Le développement d'un système éducatif accessible et de qualité.