Le programme de coopération 2000-2005 - dont l’objectif était de contribuer à l'émergence de dynamiques démocratiques et participatives au niveau local et régional en privilégiant des démarches d'accompagnement a fait apparaître un bilan positif, avec des résultats objectivement vérifiables et salués par l'ensemble des partenaires dans chacun de ses trois champs d'activités. (économies locales, gouvernance et développement social). Le bilan montre également le bien-fondé de l’approche centrée sur des enjeux locaux identifiés par les acteurs de terrain eux-mêmes.

Sur la base de ces enseignements, un nouveau cadre stratégique pour les années 2007 à 2011 a été élaboré. Il vise à :

•  Systématiser le renforcement des capacités des acteurs à maîtriser leur environnement socio-économique et politique,
• Soutenir la mise en réseau des acteurs publics et privés en vue d'un développement local durable, dans une logique partenariale et
• Adapter son dispositif aux nouvelles orientations de la Coopération Suisse, ainsi qu'aux nouveaux cadres de développement tels que les Objectifs du Millénaire de Développement (OMD), le Cadre Stratégique pour la Croissance et la Réduction de la Pauvreté (CSCRP) et la Déclaration de Paris sur l’Efficacité de l’Aide. 

La nouvelle Stratégie de Coopération au Mali limite les champs d'intervention à trois secteurs:la dynamisation des économies locales, la satisfaction des besoins de base en matière de santé et l'amélioration d'un système éducatif adapté au contexte, qui seront articulés sur cinq à six pôles de développement urbains ou ruraux dans au moins trois régions du Mali.

Economies locales :

• Le soutien à l'amélioration des systèmes de production des exploitations familiales paysannes et des ateliers artisanaux.
• Le renforcement des capacités des acteurs à maîtriser leur environnement socioéconomique et politique.
• La mise en réseau des acteurs publics et privés au niveau local (collectivités territoriales, services techniques déconcentrés, producteurs et leurs associations, opérateurs économiques, transformateurs, transporteurs, etc.).
• Un soutien local, régional et national aux organisations socioprofessionnelles, aux collectivités territoriales du niveau intermédiaire et aux espaces de concertation et de régulation.

Santé :

• L'amélioration des systèmes locaux de santé en soutenant la prévention, les systèmes de protection sociale et les systèmes alternatifs de financement de l'accès à la santé.
• L'appui à une meilleure articulation de la médecine traditionnelle avec le système de santé.
• Le renforcement des capacités des acteurs locaux du système socio-sanitaire pour qu'ils puissent exercer la maîtrise d'ouvrage.                                           

Education :

• La promotion des approches alternatives et novatrices impliquant les acteurs locaux, soutenables financièrement et orientées vers les groupes défavorisés et les exclus du système éducatif
• Le soutien à la mise en réseau des acteurs de la société civile et de l'Etat, aux niveaux régional et national, en vue de la reconnaissance et de la dissémination des innovations éducatives.

Trois thèmes transversaux sont retenus à savoir la Gouvernance, l'Environnement et l'Egalité Femme/Homme.  Les autres priorités de la Coopération Suisse sont la Culture, la Gestion des Conflits, le VIH/Sida et la Valorisation des Savoirs Locaux.

Les partenaires visés sont prioritairement les collectivités territoriales et les organisations socio-professionnelles, ainsi que des Organisations Non-Gouvernementales, mais également les services déconcentrés de l'Etat pour le niveau régional et les structures centrales pour le niveau national.

Enfin, la contribution de la Coopération suisse met l'accent sur le renforcement des capacités et des compétences de ses partenaires vers une plus grande implication dans la mise en œuvre et le suivi des OMD et du CSCRP. Le Bureau de Coopération poursuit également son implication dans les espaces de concertation et de coordination de l'aide afin d'en renforcer l'efficacité et de promouvoir les processus d'harmonisation et d'alignement respectueux du contexte malien.